É a ciência que estuda esse processo de desenvolvimento do indivíduo a partir do zigoto.
Os animais apresentam diversidade de desenvolvimento embrionário, mas, de modo geral, em praticamente todos ocorrem três fases consecutivas: segmentação, gastrulação e organogênese.
Na segmentação, mesmo com o aumento do número de células, praticamente não há aumento do volume total do embrião, pois as divisões celulares são muito rápidas e as células não têm tempo para crescer.
Fases da segmentação
Embora existam diferentes tipos de segmentação, eles normalmente se realizam segundo duas fases:
- mórula, em que se forma um maciço celular com poucas células;
- blástula, em que é aumentado o número de células e se forma uma cavidade interna cheia de líquido.

A cavidade central que se observa na blástula recebe o nome de blastocele (cele = cavidade) e é cheia de líquido sintetizado pelas células que formam os seus limites.
Na fase seguinte, que é a gastrulação, o aumento do número de células é acompanhada do aumento do volume total.
Os cordados são animais que possuem notocorda, um bastonete flexível que fica no dorso do embrião. A notocorda persiste no adulto de alguns animais cordados, como é o caso do anfioxo. Nos animais vertebrados, excluindo alguns peixes, a notocorda regride totalmente ou quase totalmente e a coluna vertebral se desenvolve a partir da mesoderma.
Na gastrulação, diferenciam-se os folhetos germinativos ou embrionários, que darão origem a todos os tecidos e órgãos. Esses folhetos são: ectoderma (o mais externo), mesoderma (o intermediário) e endoderma (o mais interno).
No estágio seguinte, que é a organogênese, ocorre a diferenciação dos órgãos.
Depois de formar-se a gástrula, ocorre proliferação celular e amplo movimento e migração de células, abre-se um poro secundário (que origina a boca ou o ânus) e formam-se pregas e bolsas, fenômenos que, em conjunto, se conhecem como organogenesia, e que dão lugar à constituição dos diferentes órgãos do animal. De modo geral, o ectoderma constitui o sistema nervoso e a pele, o endoderma os aparelhos respiratório e digestivo, como as glândulas a estes associadas, e o mesoderma os ossos, os músculos, os aparelhos excretor, circulatório e reprodutor.
A partir da organogênese, o embrião começa a ser chamado feto.
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